財政部臺北國稅局表示，所得稅法第39條有關營利事業適用盈虧互抵之規定，係以公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用同法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，如期申報案件為適用之對象。

國稅局說明，上開適用案件如屬經會計師查核簽證者，除應如期於辦理結算申報時提出相關申報書表，並應依「營利事業委託會計師查核簽證申報所得稅辦法」規定於期限內提出會計師簽證申報查核報告書，始符合所得稅法第39條之規定，而得適用盈虧互抵。

國稅局呼籲，公司組織之營利事業如欲適用盈虧互抵，即應注意符合所得稅法第39條第1項但書規定之要件，以免遭調整補稅並加計利息。

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